Teritorija opštine Bor, iako je reč o relativno malom prostoru, se odlikuje velikim brojem biljnih i životinjskih vrsta.
Najbolje očuvane i najzastupljenije su šume bukve, koje su u isto vreme i veoma vredne. Ima ih na nižim planinskim kosama i zaravnima i to na krečnjačkoj i silikatnoj podlozi. Postoje na ovoj teritoriji i niske šume grabića i jorgovana, kao i šuma grabića sa mečijom leskom, koja je uglavnom reliktna, jer se u njoj sreću vrste velike starosti. Posebno je interesantna muzejska vrsta jorgovana (Suringa vulgaris).

Za niže šumske pojaseve, karakteristične su šume hrasta sladuna i cera, koje mogu biti čiste ili ca grabićem. Ove su šumske vrste najviše krčene i retki su sačuvani delovi između njiva i voćnjaka ili na planinskim kosama. Na teritoriji opštine Bor javljaju se i jela i crni bor (oko Zlota), tisa (na Štrpcu), smreka (na Stolu i Velikom Kršu), ruj (na Kučaju i Stolu), bagrem (oko seoskih naselja), vrba (oko reka i potoka) i druge vrste.
            Na Maliniku, delu Kučaja sreće se Erusimum comatum Pancic, endemična biljna vrsta centralnog Balkana. Tu je i Geniste subcarpitut Pancic, koja je ovde prvi put pronađena  i predstavljena javnosti. Na Velikom Kršu je pronađena grisebahova ljubičica, koje ima još samo na Rtnju i Suvoj planini. Pored raznovrsnih šuma, zastupljena je i travnata vegetacija pašnjaka i livada i desetine biljaka koje čovek uzgaja za svoje potrebe.
            Lazarev kanjon je jedan od najznačajnijih centara diverziteta biljaka i drveća na Balkanu. U njemu je registrovano 720 vrsti biljaka, što predstavlja 20% flore Srbije i 11% flore Balkana. On je stanište 57 endemičnih vrsta i 50 reliktnih, koje svoje poreklo vode iz različitih geoloških perioda. Na Maliniku zastupljena je šumska zajednica bukve sa papratima i tisom sa najvećom zapreminom drvne mase u Srbiji. Starost ove šume se procenjuje na oko 180 godina.
            U pojedinim delovima opštine očuvano je nekoliko ugroženih vrsta, a lov je dozvoljen na Dubašnici. Ovde je zastupljeno ukupno 47 vrsta sisara. Na prostorima Južnog Kučaja i Deli Jovana žive sve zveri Balkana: vuk, šakal, divlja mačka, ris, mrki medved, kao i druge retke ugrožene vrste: vukovi, kune (zlatica i belica), lisica, lasica, zec, divlja svinja, srna, jelen i vidra. U zatvorenom lovištu na Dubašnici naseljeni su: muflon i jelen lopatar. Pećine i šume ovog kraja su idealno stanište za slepe miševe.. Registrovana je 21 vrsta od 25, koje žive na Balkanu. Mnoge od ovih vrsta su na Evropskoj crvenoj listi globalno ugroženih vrsta. Na području opštine Bor registrovano je 140 vrsta ptica. Posebno su značajni Mali i Veliki Krš kao stanište 11 vrsta ptica grabljivica koje su ugrožene vrste na Evropskim prostorima. Ističu se jarebica, prepelica, ljestarka i jastreb. Gotovo sve vrste sisara i ptica brojno su smanjene do biološkog minimuma, a nekima preti opasnost od potpunog nestajanja.

            Lov je na prirodnim površinama sveden na minimum, dok je u lovištu Dubašnici dozvoljen na površini od 750 ha. Ovde se vrši prihranjivanje i uzgoj divljači, pa je moguć komercijalni odstrel. Lovni turizam na nisku i visoku divljač je moguć na Dubašnici..Borsko jezero je često poribljavano, tako da je moguć ribolov, što je moguće na izvesnim delovima Timoka i Zlotske reke.